同时，朱厚照决议分礼部之权，仪制清吏司所负责之学务单独成立一学部，由康海就任学部尚书，统领帝国学政，一改推行千年的六部之分。
对于这种编制性的改革，引起的反对声音倒不大，最多是礼部的堂官们会觉得自己权力被分割，可如今礼部尚书杨一清刚转为边镇总督，礼部系统的官员又因为张昇、毛澄两任礼部尚书被杀而被大削威势，使得现在成立学部后，礼部也不敢拂逆朱厚照的意思。
不过，为了达到精兵简政的目的，朱厚照还特地下诏，将太常寺、光禄寺、鸿胪寺并入礼部，着令内阁对其礼部事务重新订立，明确具体礼仪事宜和外务事宜。
中央设立学部，便于更好的管理学政和推行教育，从此以后教育便不在仅仅是部务即礼部之事，而是朝廷之事，在制度上是由皇帝直接通过学部管理。
学部第一任尚书康海作为第一个以四品以上高官身份去京师大学深造的官员，也懂得了教育的重要性，甚至社学的具体改革与学制改革也是由他亲自完成的。
比如要求考中县学者便可直接入县学，县学满五年可直接考府试，府学满三年可直接考院试。
依据大明现有的财力，在内阁与户部、学部廷议后，朱厚照决定在社学实行四年义务教育制，财政由中央朝廷拨付。
且朱厚照为表示为振兴大明治学之事，顺利推行强制性义务教育，下旨皇家税务局每年需拨出三成榷税收入给学部，以专门作为大明治学之费，而朝廷国库也应拨付相应收入给学部。
因为考成法以政绩为唯一升迁官员标准的缘故，因而学政本就是地方官最为积极之事，如今朝廷拨付重金助学自然更加地方官更加积极响应，而百姓们倒也不反对，毕竟他们也知道读书是好事。
可事实上却也并非如此，低收入的百姓家庭还是不愿意把自己的孩子送入学校，至少不是全部的孩子，毕竟他们需要足够的劳动力为家庭增加收入，哪怕是给财主放个牛也好。
尽管官府免费，但落在实处，在一些底层官员与胥吏以书本费、笔墨费等名目下，还是继续收钱，所以一时间，朝廷虽然投了不少银子，真正能进入学堂读书的平民孩子一时还没多少。
甚至一些底层官员与胥吏为应付上面检查，还强制性把平民子弟抓进社学读书，同时也强制性要求平民子弟缴费，如此反而没有让平民子弟享受到朝廷免费教育的恩惠。
朱厚照听闻后自然也不客气，直接下旨将这些官员胥吏处死，在狠狠地杀了几批后，底下的官员胥吏也有很多老实了许多。
无论如何，尽管上有政策，下有对策，尽管地方的实际推行效果与中央朝廷的本意有所不同，但到底还是有了很多庶民家的子弟有了接受教育的机会。
严嵩在担任南直隶巡抚后便开始尽心遵行着朝廷下达的推行强制义务教育的事，而且与其他地方不同，他还严格按照朝廷旨意在社学里增设算术与常识两科，且要求自正德七年起，南直隶的学员考试增考算术与常识两科，就算八股文做的好，算术与常识不合格者也不得入学。
江南士绅对此是极为反感，纷纷联络本乡官员上奏弹劾严嵩这是本末倒置，背儒令学子习下九流之学。
但朱厚照对此并不反感，以南直隶地区素来文风荟萃为由，允准严嵩在江南搞新学政改革，且要求学部主持之会试与殿试也增设算术一科，甚至还得考一科常识，以避免以后的进士又大都只知四书五经。
朱厚照这么一表态，举国哗然！皆以为此乃乱国之举，一些颇有风骨的大儒甚至表示自己和自己的弟子将不会再参加科举，以此来表达自己对朝廷过于注重非儒之学问的抗议。
南直隶鹤山书院山长黎佑民便在江南地方所办的报刊上公开表示，自己书院的学子和自己将不会再参加南直隶下一科乡试，以此表达对南直隶巡抚严嵩不独尊儒术的抗议。
南直隶巡抚严嵩与王阳明不同，不强权处理，只也在报刊上发告示言下一科乡试已奏请朝廷恩准，扩招三十名。
而也正因为此，等到南直隶乡试到来时，黎佑民的学生纷纷参考，甚至考中者不下十人。
其他扬言为抵制增加算术与常识而不参加科考的士子也一样，大都嘴上说说，到考试的时候还是乖乖来考。
而黎佑民对此极为恼恨，直接扬言以后入自己书院者不得参加科考，声言自己只收专心儒家孔孟之道的人为学生。
结果，报名入鹤山书院的新士子寥寥无几，黎佑民最后自己也不得不承认，大多数人读书为的还是功名利禄，真正愿意治学的人不多，但也因此让他愈发觉得自己与自己书院的清贵，他和他书院里还在坚守的学生们迷一般的自视清高了起来。
朱厚照新设学部且改革学政立新学制后，像黎佑民这种顽固不化，宁愿舍弃科考也要独尊儒家理学的人倒也不少，但随着学习新学的人越来越多，他们也越发的成为了异类，被社会主流避而远之。
这些顽固的大儒也不再收到帝国统治者的欢迎，他们没法再以善治圣人学而被皇帝召见被朝廷照顾，使得这些大儒或多也对朝廷也有些不满或者说是失意。
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