由于朱元璋是开国皇帝，明初皇帝的力量比较强大，到了明朝中后期则文官的力量变的强大起来。朱元璋利用特务机构，派出大量名为“检校”的特务人员，遍布朝野，暗中监视。有一次，学士宋濂上朝，朱元璋问宋濂昨天在家喝酒没有，请了哪些客人，宋濂一一照实回答。朱元璋听后满意地说：“你果然没有骗朕。”着名儒士钱宰被征参编《孟子节文》，一日散朝回家，随口吟诗道：“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟。何日得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”结果第二天上朝，朱元璋便问钱宰：“昨天的诗不错，不过朕没有‘嫌’迟，改作‘忧’字，如何？”钱宰一听，吓得忙磕头请罪。
1382年，出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力，这是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑。朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下，工部尚书薛禄就是这样被活活打死的。
在地方上，在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。
1370年，朱元璋下令设科取士，规定以八股文作为取士的标准，以“四书”、“五经”为题，不允许有自己的见解，必须依照古人的思想。这种考试的内容比较僵化，限制了人们的思想。
同时，对于不肯合作的地主知识分子，朱元璋则想尽办法加以镇压。他出生贫寒，并且早年做过和尚，所以十分忌讳“光”、“秃”等字眼，就连“僧”也不喜欢，甚至连和“僧”读音差不多的“生”也同样厌恶；他曾参加过红巾军，因此不喜欢别人说“贼”、“寇”，连和贼读音相近的“则”也厌恶。有好多人因此送命，如浙江府学林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，其中有“作则帝宪”一语，杭州府学徐一夔表文中有“光天之下”、“天生圣人，为世作则”等语，朱元璋便硬说文中的“则”是骂他做“贼”，“光”是光头，“生”是僧，是骂他做过和尚。据说，有一年元旦夜里，朱元璋外出，发现一则灯谜：上画了一个女人，手里抱着一个西瓜，坐在马背上，其中马蹄画得特别大。对此，朱元璋大怒，认为这是暗讽马皇后是个大脚，于是即命查缉，将作灯谜的人杖责至死。
文字狱从1384年一直延续到1396年，长达十三年，造成了人人自危、不敢提笔的局面，以致文官们不得不请求设计出一种标准的文牍的措辞，以免犯忌。
同任何一个皇帝一样，朱元璋在生前也安排自己的后事。他将自己的陵墓修在了钟山南麓，称为孝陵。明孝陵方圆四十五华里，规模宏伟。1398年，71岁的朱元璋病逝，葬于孝陵，谥号“圣神文武钦明应运俊德成功统天大孝高皇帝”，庙号“太祖”。
朱元璋以一介平民，于群雄间角逐数十年，最终推翻元朝，成为明朝的开国皇帝。他对政治制度加以改革，并以锦衣卫清除权臣，以巩固皇权；同时推行与民休息的政策，发展生产。明朝初期是中国历史上较强盛的时期，朱元璋是中国历史上一位比较杰出的地主阶级政治家。
朱元璋在创立明王朝的过程中认识到，元朝之所以灭亡，除了统治者本身的素质以外，整个社会失于教化也是一个原因。因此，一登上皇位，他就采取了一系列强制措施，兴建学校，选拔学官，并坚持把“教育工作”作为衡量地方官政绩的重要指标。
洪武九年（1376年）六月，山东日照县知县马亮任职考满，入京觐见皇帝，州里给他下的评语是“无课农兴学之绩而长于督运”。针对这个鉴定，朱元璋的批示是：农桑乃衣食之本，学校是风化之源，这个县令放着分内的事不做却长于督运，这是他的职责吗？结果，那位马县令不但没有晋升反而被“黜降”了。（《明太祖实录》卷106）
除了政府官员要大力抓教育以外，朱元璋还要求直接担任教育工作的各级“教师”必须负起责任。洪武十五年四月，朱元璋任命吴颙为国子监祭酒。“国立大学”的生源一部分是公侯、功臣子弟，一部分是从全国范围内选拔出来的有才华的人，因此，对这些人的管理有很大的难度。朱元璋对吴颙说，要搞好教育必须师道严而后模范正，师道不立则教化不行，天下学校就无从效仿。意思就是要大胆管理、严格教育。（同上，卷144）然而吴老先生却没有按照皇帝的旨意办事，任祭酒不到一年，因为治纪不严，放纵不爱学习的武臣子弟，朱元璋就把他罢免了。（同上，卷151）
朱元璋认为，教育不仅是以文辞为务、记诵为能，从事教育的人要关心时事，关注国计民生。洪武二十五年七月，全国各地到了任职年限的学正、教谕、训导（不同级别的教师）进京考绩，等待升迁。朱元璋借机向他们询问老百姓的生活情况，其中岚州（属山西）学正吴从权、山阴（今绍兴）教谕张恒都说不知道，声称这不是他们的职责，他们的任务只是教书。朱元璋听罢十分生气，举了宋朝儒士胡瑗的故事，并说，圣贤之道是用来济世安民的，你们连民情都不知道，天天教的都是些什么东西呢？结果可想而知，这两个人被流放到边疆去了。（《明史纪事本末》卷14）
其实，类似的事很久以前就发生过了。洪武十二年三月二十七日，退朝之后，朱元璋召儒臣谈论治国之道，大家畅所欲言，只有国子学官李思迪和马懿沉默不语。朱元璋极不高兴，把他们给贬了。之后，在下发给国子监的“通报”中说：身为人师，应该“模范其志，竭胸中所有，发世之良能，不隐而训……”李思迪和马懿，出身草野，现在能与皇帝议论国是，皇帝这么虚心请教，他们竟连一句话都不愿说，对皇帝尚且如此，还能指望他们尽心尽力教学生吗？（《国榷》卷6；《明通鉴》卷6）
显然，对待“高级教师”（国子学官），朱元璋的标准更高了，除了关注国计民生，还要具备参政议政的素质。呵呵，可以想见，那些生活在洪武朝的老师，尤其整天在朱元璋眼皮子底下晃悠的国子学官们，日子真是如履薄冰呀！
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