反派特工带着警察杀来。
一拳难敌四手。
为了掩护林锋撤退，反叛军船长被生擒。
在审讯期间，反派特工头头告诉反叛军船长，自己想要的是人类现实中希望城的主机密码。
但反派史密斯的理由不是什么消灭反叛军，而是脱离母体。
史密斯认为人类就像一种病菌，简直恶心透顶，他想回到真实的机器世界。
其实这段对话说明，反派特工史密斯也开始有了自己的独立意识。
而在林锋这边，他似乎明白了先知的话——有时候需要牺牲反叛军船长（如果精神在母体世界死亡，现实世界中的肉体也会随之死亡）
但林锋并不打算这么做，他开始相信自己了，再和同伴商量之后，林锋选择和女主一起去母体世界营救反叛军船长。
经过一系列“吴宇森式”的枪战，林锋解救成功船长，只是准备要传送回现实世界的时候，林锋选择独自面对反派特工。
不过林锋还是打不过反派特钢，再经过一系列追逐战，林锋直接被开枪打死。
是的，电影中就这么死了，现实世界的林锋也随之死亡。
…
而电影之前的观众都蒙蔽了，哪有在最高潮的时候，男主角直接被打死了啊！
而电影中的刘一菲也是痛苦不已。
刘一菲想起先知说的话——她会爱上救世主，而救世主是没那么容易死的。
接着，在刘一菲深情一吻下，林锋满血复活，复活起身后的男主角彻底从”矩阵”的束缚中解放出来，继而成为了救世主。
如今的母体在他眼中，只不过是一行行运行的代码。
林锋的眼中已经不是一个个具体的“对象”了，而是万物背后的规律符号，
他具备了重整”矩阵”（思维）的能力，例如空手接子弹、空中扮超人……瞬间把反派史密斯打成碎片。
…
其实第一部内容是比较简单的，剧情上只是描述了男主角从”矩阵”世界中解放出来，
认识到了“真实”与“虚假”，并重塑了自己在”矩阵”中的能力。
第一部寓意是：人都是生活在一堆模湖、流变、虚假的表象中，在这些表象之下有一个世界的本真，规定着表象的变化，要
想认识到这个本真，必须脱离出当前的思想环境，切换到另一个重生的视角中，去拷问平日习以为常的认识，
我们所谓的世界，不过是一个主观思维模式，重塑自己的思想是重塑世界的前提……
电影中的男主角能真正认识自己的意义和存在的原因，但真正现实世界中的我们呢？
此时电影结束了！
……
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