他将目光瞄向了海龙囤的后山之地。后山有三关，分别为万安关、西关、后关，三关关口内都建有耳室与瓮城，其城墙的高度厚度都不次于八达岭长城，不过后山地势还是比前山要缓一些，黄来福决定从前山与后山同时入手。
九月七日，黄来福调总兵马孔英与吴广攻取后山三关，大批的明军集于后山大板水地方，准备从该地攻关。
马孔英颇有急智，知道硬要攻取关口会伤亡惨重，便想出一计谋，命军士每晚赶一大群羊冲向三关之地，以为麻痹山上土军，土军误以为明军攻关，便匆忙应战，结果第二天起来发现关前成群的死羊。每晚如此，几日下来，三关守军疲惫不堪。
而在十日晚，经过几日平静后，黄来福亲将杨小驴亲自率领两百敢死将士，趁夜爬上了朝天关的城墙，古时夜战稀少，因为当时军士大多营养不良，很多人都患有夜盲症，晚上不能视物，不过对于营养良好的黄来福麾下亲兵家丁来说这些却不是问题。
朝天关守军没想到这一点，加上四更时间众人大多鼾睡，杨小驴领军轻易爬上城墙，斩杀了城墙上的众多土人守军，打开城门，树帜鸣炮，城门下大批的来福营将士涌入关内，关上守军大惊溃散。飞凤关内的杨应龙从梦中惊醒，顾不得飞凤关下大批哀求的朝天关败兵，下令紧闭关门，防止明军趁机袭取，并在四周点起了大批的火把，将飞凤关一带照得灯火通明。
不过到了这个时候，杨应龙也知道自己灭亡就在当日，十二日清晨，海龙囤下明军全线发起攻击，很快，后山的万安关与西关被攻破，中午时分，杨小驴身先士卒，亲自领军攻打飞凤关，此时播州土兵己经没有了背水一战的锐气，关城似乎随时可破。
当晚杨应龙散发重金希望招募数千勇士出关偷袭明军，但山上数万土兵却都是脸色惨白，没有一个人敢出声应和。杨应龙心灰意懒，亲自提刀巡垒，看四面火光烛天，不由傍徨长叹，回宫后搂着自己两个爱妾只是流泪。
十三日，明军又大举攻城，中午时分，在一片的“万胜”声中，杨小驴领军攻破了飞凤关，而在此时，后山的总兵马孔英与吴广也攻陷了后关，两路大军浩浩荡荡进入海龙囤内，依次占领飞凤关内的养马城、老王宫、新王宫、总管厅、军营、校场、金银库、火药池等地，并生获杨应龙儿子杨朝栋、杨兆龙等叛将百余人。
杨应龙跌跌撞撞回到他的宫殿，仓皇同两个爱妾自缢，并放火自焚，总兵吴广从火焰中将其尸体抢出。
十四日，黄来福发下军令，阻止了将士对海龙囤内的报复性杀戮，除了清点所获物质外，还将被俘的海龙囤土兵及播民十余万押往重庆府，等候进一步的处理。
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